知网查重不按目录的原因主要有两个方面：一是可能是论文格式问题，二是可能是知网自身系统问题。针对论文格式问题，可能是因为目录格式不规范，或者目录信息未正确录入导致系统无法正确识别。而针对知网系统问题，可能是系统本身的bug或者更新导致的问题。解决方法可以从以下几个方面入手：首先，检查论文格式，确保目录格式规范，正确录入目录信息；其次，联系知网客服，反馈问题，寻求技术支持；最后，及时关注知网系统更新，保持与知网官方的沟通，了解系统问题的最新解决方案。

知网查重不按目录可能是由于论文格式问题或者知网系统问题所致。对于论文格式问题，可以通过规范目录格式、正确录入目录信息来解决；对于知网系统问题，建议及时联系知网客服反馈问题，寻求技术支持。此外，关注知网系统更新，及时了解系统问题的最新解决方案也是解决查重不按目录问题的有效途径。